oncotomskСибирский онкологический журналSiberian journal of oncology1814-48612312-3168Tomsk National Research Medical Сепtеr of the Russian Academy of Sciences10.21294/1814-4861-2023-22-6-74-82oncotomsk-2837Research ArticleЛАБОРАТОРНЫЕ И ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯLABORATORY AND EXPERIMENTAL STUDIESВариабельность митохондриального генома у больных раком молочной железы в популяции якутокVariability of the mitochondrial genome in young Yakut patients with breast cancerhttps://orcid.org/0000-0003-3385-9471ТихоновД. Г.TikhonovD. G.

Тихонов Дмитрий Гаврилович - доктор медицинских наук, профессор, главный  научный сотрудник НИИ здоровья, 

677000, г. Якутск, ул. Белинского, 58

Dmitry G. Tikhonov - MD, Professor, Chief Researcher, Research Institute of Health,

58, Belinsky St., Yakutsk, 677000

tikhonov.dmitri@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4610-7105ЕгоровА. Н.EgorovA. N.

Егоров Андрей Николаевич - лаборант лаборатории клеточных технологий и регенеративной медицины, 

677000, г. Якутск, ул. Белинского, 58

Andrey N. Egorov - Laboratory Assistant, Laboratory of Cell Technologies and Regenerative Medicine, 

58, Belinsky St., Yakutsk, 677000

https://orcid.org/0000-0002-7692-9954ГолубенкоМ. В.GolubenkoM. V.

Голубенко Мария Владимировна - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории популяционной генетики, 

634050, г. Томск, Набережная реки Ушайки, 10

Maria V. Golubenko - PhD, Senior Researcher, Laboratory of Population Genetics,

10, Ushaika River Embankment, Tomsk, 634050

https://orcid.org/0000-0002-1475-1185МолоковА. Ю.MolokovA. Yu.

Молоков Алексей Юрьевич - младший научный сотрудник лаборатории молекулярной онкологии и иммунологии, 

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, 5

Alexey Yu. Molokov - Junior Researcher, Laboratory of Molecular Oncology and Immunology,

5, Kooperativny St., Tomsk, 634009

БелявскаяВ. А.BelyavskayaV. A.

Белявская Валентина Александровна - доктор биологических наук, профессор, ведущий научный сотрудник, 

630559, г. Новосибирск, пос. Кольцово

Valentina A. Belyavskaya - Professor, Leading Researcher,

pos. Koltsovo, Novosibirsk, 630559

https://orcid.org/0000-0003-0051-8814ГервасП. А.GervasP. A.

Гервас Полина Анатольевна - кандидат медицинских наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной онкологии и иммунологии, 

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, 5

Polina A. Gervas - MD, PhD, Researcher, Laboratory of Molecular Oncology and Immunology,

5, Kooperativny St., Tomsk, 634009

https://orcid.org/0000-0002-2491-3141СкрябинН. А.SkryabinN. A.

Скрябин Николай Алексеевич - кандидат медицинских наук, руководитель лаборатории геномики орфанных болезней,

634050, г. Томск, Набережная реки Ушайки, 10

Nikolay A. Skryabin - MD, PhD, Head of the Laboratory of Genomics of Orphan Diseases,

10, Ushaika River Embankment, Tomsk, 634050

ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова»РоссияM.K. Ammosov North-Eastern Federal UniversityRussian FederationНаучно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияResearch Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of SciencesRussian FederationНаучно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияCancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of SciencesRussian FederationФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» РоспотребнадзораРоссияState Scientifc Center of Virology and Biotechnology “Vector”Russian Federation2023030120242267482Copyright © Тихонов Д.Г., Егоров А.Н., Голубенко М.В., Молоков А.Ю., Белявская В.А., Гервас П.А., Скрябин Н.А., 20242024Тихонов Д.Г., Егоров А.Н., Голубенко М.В., Молоков А.Ю., Белявская В.А., Гервас П.А., Скрябин Н.А.Tikhonov D.G., Egorov A.N., Golubenko M.V., Molokov A.Y., Belyavskaya V.A., Gervas P.A., Skryabin N.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.siboncoj.ru/jour/article/view/2837Введение

Введение. Популяция саха (якуты) – коренное население Сибири, проживающее на территории Якутии, отличается одним из самых низких в мире уровнем заболеваемости раком молочной железы (РМЖ). Низкий уровень заболеваемости РМЖ коренного населения Якутии отмечен в ряде публикаций, но до настоящего времени причины этого явления не до конца выяснены. Следует отметить, что изучение факторов, снижающих риск заболевания РМЖ, имеет важное значение для его профилактики. По результатам ряда исследований, у якутов не обнаружено наследственных форм РМЖ, не найдено патогенных вариантов генов BRCA1/2, ассоциированных с наследственными синдромами РМЖ и рака яичника (РЯ). В связи с этим мы приняли решение сместить акцент на исследование митохондриального генома больных РМЖ саха методом секвенирования.

Цель исследования – выявить варианты митохондриального генома, ассоциированные с РМЖ, у пациенток саха.

Материал и методы

Материал и методы. В исследование включено 14 пациенток саха с диагнозом РМЖ, средний возраст составил 49 лет. Выделение ДНК осуществляли методом фенол-хлороформной экстракции. ДНК-библиотеки готовили с помощью набора Nextera Flex (Illumina, США). Полногеномное секвенирование митохондриального генома выполнялось на приборе MiSeq (Illumina, США) на базе ЦКП Томского НИМЦ. Полученные результаты у больных РМЖ сравнивались с популяционным контролем.

Результаты

Результаты. У женщин саха, больных РМЖ, выявлено 159 вариантов митохондриального генома, отличающихся от референсной последовательностью митохондриальной ДНК (мтДНК) человека (rCRS). Показана ассоциация вероятно патогенных вариантов m.3736G>A гена МТ-ND1 и m.7279T>C гена MT-CO1 с РМЖ. Впервые выявлены варианты, предрасполагающие к РМЖ (m.10398A>G; m.14783T>C; m.15043G>A; m.15301G>A). Особенностью митохондриального генома популяций с низким уровнем заболеваемости РМЖ является высокий уровень вариантов мтДНК с изменением длины полицитозинового участка в локусе D310.

Заключение

Заключение. Впервые у женщин с РМЖ из популяции саха выявлены варианты мтДНК с изменением длины полицитозинового тракта в локусе D310 и вероятно патогенные варианты m.3736G>A гена МТ-ND1 и m.7279T>C гена MT-CO1. Полученные данные свидетельствуют о целесообразности дальнейшего изучения роли выявленных вариантов мтДНК в развитии РМЖ на расширенной выборке пациентов саха.

Background

Background. The Sakha (Yakutia) population, the indigenous population of Siberia living in Yakutia, has one of the lowest rates of breast cancer (BC) incidence worldwide. The low BC incidence among the indigenous population of Yakutia has been reported by several authors, but to date the reasons for this phenomenon have not been fully elucidated. It should be noted that the study of factors that reduce the risk of BC is important for its prevention. In several studies, no hereditary BC was found in the Yakuts, and no pathogenic variants of the BRCA1/2 genes associated with hereditary syndromes of breast and ovarian cancers were found. In this regard, we decided to shift the focus to studying the mitochondrial genome of Sakha BC patients using the sequencing method.

The purpose of the study was to identify BC-associated mitochondrial genome variants in Sakha patients.

Material and Methods

Material and Methods. The study included 14 Sakha patients diagnosed with BC. The median age of the patients was 49 years. DNA isolation was performed using phenol-chloroform extraction. DNA libraries were prepared using the Nextera Flex kit (Illumina, USA).Whole-genome sequencing of the mitochondrial genome was performed on a MiSeq instrument (Illuminа, USA). in the Shared Use Centre of the Research Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Centre of the Russian Academy of Sciences. The results obtained in BC patients were compared with those of control subjects.

Results

Results. In Sakha women with BC, 159 mitochondrial genome variants that differed from the human mitochondrial DNA (mtDNA) reference sequence (rCRS) were identified. Likely pathogenic variants m.3736G>A of the MT-ND1 gene and m.7279T>C of the MT-CO1 gene were shown to be associated with BC. For the first time, variants predisposing to BC (m.10398A>G; m.14783T>C; m.15043G>A; m.15301G>A) were identified. A distinctive feature of the mitochondrial genome of populations with a low BC incidence is a high level of mtDNA variants with changes in the length of the polycytosine region in the D310 locus.

Conclusion

Conclusion. For the first time, mtDNA variants with changes in the length of the polycytosine tract in the D310 locus and likely pathogenic variants m.3736G>A of the MT-ND1 gene and m.7279T>C of the MT-CO1 gene were identified in Sakha BC women. The data obtained indicate that further studies on the role of the identified mtDNA variants in the development of BC using a larger sample of Sakha patients are required.

рак молочной железыэтническая популяция сахаварианты митохондриальной ДНКпрогнозирование патогенностиbreast cancerSakha populationmitochondrial DNA variantspathogenicity predictionРабота выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант № 22-25-20032). Секвенирование митохондриального генома выполнено на базе Центра коллективного пользования научным оборудованием «Медицинская геномика» Томского НИМЦThe study was carried out with fnancial support from the Russian Science Foundation (grant No. 22-25- 20032). Sequencing of the mitochondrial genome was carried out at the Center for Shared Use of Scientifc Equipment “Medical Genomics” at Tomsk National Research Medical Center.ReferencesПетрова Г.В., Грецова О.П., Каприн А.Д., Старинский В.В. Характеристика и методы расчета медико-статистических показателей, применяемых в онкологии. М., 2014. 40 с.Petrova G.V., Grecova O.P., Kaprin A.D., Starinskij V.V. Characteristics and methods for calculating medical and statistical indicators used in oncology. Moscow, 2014. 40 p. (in Russian).Писарева Л.Ф., Одинцова И.Н., Иванов П.М., Николаева Т.И. Особенности заболеваемости раком молочной железы коренного и пришлого населения Республики Саха (Якутия). Сибирский онкологический журнал. 2007; 3: 69–72.Pisareva L.F., Odintsova I.N., Ivanov P.M., Nikolaeva T.I. Breast cancer incidence among indigenous peoples and newcomers in Sakha Republic (Yakutia). Siberian Journal of Oncology. 2007; 3: 69–72. (in Russian).Николаева Т.И., Писарева Л.Ф., Иванов П.М., Иванова Ф.Г. Факторы риска развития рака молочной железы в Республике Саха (Якутия). Якутский медицинский журнал. 2010; 1(29): 46–7.Nikolaeva T.I., Pisareva L.F., Ivanov P.M., Ivanova F.G. Risk factors for the development of breast cancer in the Republic of Sakha (Yakutia). Yakut Medical Journal. 2010; 1(29): 46–7. (in Russian).Злокачественные новообразования в России в 2021 году (заболеваемость и смертность). Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. М., 2022. 252 с.Malignant tumors in Russia in 2021 (morbidity and mortality). Ed. by A.D. Kaprin, V.V. Starinsky, A.O. Shakhzadova. Moscow, 2022. 252 p. (in Russian).Гервас П.А., Молоков А.Ю., Панферова E.В., Писарева Л.Ф., Чердынцева Н.В. Этнические аспекты наследственного рака молочной железы. Сибирский онкологический журнал. 2019; 18(2): 102–8. doi: 10.21294/1814-4861-2019-18-2-102-108.Gervas P.A., Molokov A.Yu., Panpherova E.V., Pisareva L.P., Cherdyntseva N.V. Ethnic aspects of hereditary breast cancer. Siberian Journal of Oncology. 2019; 18(2): 102–8. (in Russian). doi: 10.21294/1814-4861-2019-18-2-102-108.Гервас П.А., Молоков А.Ю., Зарубин А.А., Иванова А.A., Тихонов Д.Г., Киприянова Н.С., Егоров А.Н., Жуйкова Л.Д., Шефер Н.А., Топольницкий Е.Б., Белявская В.А., Писарева Л.Ф., Чойнзонов Е.Л., Чердынцева Н.В. Новая мутация в гене PALB2, ассоциированная с наследственным раком молочной железы у молодой пациентки, принадлежащей к якутской этнической группе. Сибирский онкологический журнал. 2022; 21(4): 72–9. doi: 10.21294/1814-4861- 2022-21-4-72-79.Gervas P.A., Molokov A.Yu., Zarubin A.A., Ivanova A.A., Tikhonov D.G., Kipriyanova N.S., Egorov A.N., Zhuikova L.D., Shefer N.A., Topolnitskiy E.B., Belyavskaya V.A., Pisareva L.F., Choynzonov E.L., Cherdyntseva N.V. A novel germline mutation of the PALB2 gene in a young Yakut breast cancer woman. Siberian Journal of Oncology. 2022; 21(4): 72–9. (in Russian). doi: 10.21294/1814-4861- 2022-21-4-72-79.Сухоруков В.С., Воронкова А.С., Литвинова Н.А. Клиническое значение индивидуальных особенностей митохондриальной ДНК. Российский вестник перинатологии и педиатрии. 2015; 60(3): 10–20.Sukhorukov V.S., Voronkova A.S., Litvinova N.A. Clinical relevance of individual mitochondrial DNA characteristics. Russian Bulletin of Perinatology and Pediatrics. 2015; 60(3): 10–20. (in Russian).Duggan A.T., Whitten M., Wiebe V., Crawford M., Butthof A., Spitsyn V., Makarov S., Novgorodov I., Osakovsky V., Pakendorf B. Investigating the prehistory of Tungusic peoples of Siberia and the Amur-Ussuri region with complete mtDNA genome sequences and Y-chromosomal markers. PLoS One. 2013; 8(12). doi: 10.1371/journal.pone.0083570.Duggan A.T., Whitten M., Wiebe V., Crawford M., Butthof A., Spitsyn V., Makarov S., Novgorodov I., Osakovsky V., Pakendorf B. Investigating the prehistory of Tungusic peoples of Siberia and the Amur-Ussuri region with complete mtDNA genome sequences and Y-chromosomal markers. PLoS One. 2013; 8(12). doi: 10.1371/journal.pone.0083570.Pala M., Olivieri A., Achilli A., Accetturo M., Metspalu E., Reidla M., Tamm E., Karmin M., Reisberg T., Hooshiar Kashani B., Perego U.A., Carossa V., Gandini F., Pereira J.B., Soares P., Angerhofer N., Rychkov S., AlZahery N., Carelli V., Sanati M.H., Houshmand M., Hatina J., Macaulay V., Pereira L., Woodward S.R., Davies W., Gamble C., Baird D., Semino O., Villems R., Torroni A., Richards M.B. Mitochondrial DNA signals of late glacial recolonization of Europe from near eastern refugia. Am J Hum Genet. 2012; 90(5): 915–24. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.04.003.Pala M., Olivieri A., Achilli A., Accetturo M., Metspalu E., Reidla M., Tamm E., Karmin M., Reisberg T., Hooshiar Kashani B., Perego U.A., Carossa V., Gandini F., Pereira J.B., Soares P., Angerhofer N., Rychkov S., AlZahery N., Carelli V., Sanati M.H., Houshmand M., Hatina J., Macaulay V., Pereira L., Woodward S.R., Davies W., Gamble C., Baird D., Semino O., Villems R., Torroni A., Richards M.B. Mitochondrial DNA signals of late glacial recolonization of Europe from near eastern refugia. Am J Hum Genet. 2012; 90(5): 915–24. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.04.003.Derenko M., Malyarchuk B., Denisova G., Perkova M., Litvinov A., Grzybowski T., Dambueva I., Skonieczna K., Rogalla U., Tsybovsky I., Zakharov I. Western Eurasian ancestry in modern Siberians based on mitogenomic data. BMC Evol Biol. 2014; 14. doi: 10.1186/s12862-014-0217-9.Derenko M., Malyarchuk B., Denisova G., Perkova M., Litvinov A., Grzybowski T., Dambueva I., Skonieczna K., Rogalla U., Tsybovsky I., Zakharov I. Western Eurasian ancestry in modern Siberians based on mitogenomic data. BMC Evol Biol. 2014; 14. doi: 10.1186/s12862-014-0217-9.Fedorova S.A., Reidla M., Metspalu E., Metspalu M., Rootsi S., Tambets K., Trofmova N., Zhadanov S.I., Hooshiar Kashani B., Olivieri A., Voevoda M.I., Osipova L.P., Platonov F.A., Tomsky M.I., Khusnutdinova E.K., Torroni A., Villems R. Autosomal and uniparental portraits of the native populations of Sakha (Yakutia): implications for the peopling of Northeast Eurasia. BMC Evol Biol. 2013; 13. doi: 10.1186/1471-2148-13-127.Fedorova S.A., Reidla M., Metspalu E., Metspalu M., Rootsi S., Tambets K., Trofmova N., Zhadanov S.I., Hooshiar Kashani B., Olivieri A., Voevoda M.I., Osipova L.P., Platonov F.A., Tomsky M.I., Khusnutdinova E.K., Torroni A., Villems R. Autosomal and uniparental portraits of the native populations of Sakha (Yakutia): implications for the peopling of Northeast Eurasia. BMC Evol Biol. 2013; 13. doi: 10.1186/1471-2148-13-127.Ingman M., Gyllensten U. Rate variation between mitochondrial domains and adaptive evolution in humans. Hum Mol Genet 2007; 16(19): 2281–7. doi: 10.1093/hmg/ddm180.Ingman M., Gyllensten U. Rate variation between mitochondrial domains and adaptive evolution in humans. Hum Mol Genet 2007; 16(19): 2281–7. doi: 10.1093/hmg/ddm180.Achilli A., Rengo C., Battaglia V., Pala M., Olivieri A., Fornarino S., Magri C., Scozzari R., Babudri N., Santachiara-Benerecetti A.S., Bandelt H.J., Semino O., Torroni A. Saami and Berbers--an unexpected mitochondrial DNA link. Am J Hum Genet. 2005; 76(5): 883–6. doi: 10.1086/430073.Achilli A., Rengo C., Battaglia V., Pala M., Olivieri A., Fornarino S., Magri C., Scozzari R., Babudri N., Santachiara-Benerecetti A.S., Bandelt H.J., Semino O., Torroni A. Saami and Berbers--an unexpected mitochondrial DNA link. Am J Hum Genet. 2005; 76(5): 883–6. doi: 10.1086/430073.Derenko M., Malyarchuk B., Grzybowski T., Denisova G., Dambueva I., Perkova M., Dorzhu C., Luzina F., Lee H.K., Vanecek T., Villems R., Zakharov I. Phylogeographic analysis of mitochondrial DNA in northern Asian populations. Am J Hum Genet. 2007; 81(5): 1025–41. doi: 10.1086/522933.Derenko M., Malyarchuk B., Grzybowski T., Denisova G., Dambueva I., Perkova M., Dorzhu C., Luzina F., Lee H.K., Vanecek T., Villems R., Zakharov I. Phylogeographic analysis of mitochondrial DNA in northern Asian populations. Am J Hum Genet. 2007; 81(5): 1025–41. doi: 10.1086/522933.Derenko M., Malyarchuk B., Grzybowski T., Denisova G., Rogalla U., Perkova M., Dambueva I., Zakharov I. Origin and post-glacial dispersal of mitochondrial DNA haplogroups C and D in northern Asia. PLoS One. 2010; 5(12). doi: 10.1371/journal.pone.0015214.Derenko M., Malyarchuk B., Grzybowski T., Denisova G., Rogalla U., Perkova M., Dambueva I., Zakharov I. Origin and post-glacial dispersal of mitochondrial DNA haplogroups C and D in northern Asia. PLoS One. 2010; 5(12). doi: 10.1371/journal.pone.0015214.Derenko M., Malyarchuk B., Denisova G., Perkova M., Rogalla U., Grzybowski T., Khusnutdinova E., Dambueva I., Zakharov I. Complete mitochondrial DNA analysis of eastern Eurasian haplogroups rarely found in populations of northern Asia and eastern Europe. PLoS One. 2012; 7(2). doi: 10.1371/journal.pone.0032179.Derenko M., Malyarchuk B., Denisova G., Perkova M., Rogalla U., Grzybowski T., Khusnutdinova E., Dambueva I., Zakharov I. Complete mitochondrial DNA analysis of eastern Eurasian haplogroups rarely found in populations of northern Asia and eastern Europe. PLoS One. 2012; 7(2). doi: 10.1371/journal.pone.0032179.Lippold S., Xu H., Ko A., Li M., Renaud G., Butthof A., Schröder R., Stoneking M. Human paternal and maternal demographic histories: insights from high-resolution Y chromosome and mtDNA sequences. Investig Genet. 2014; 5: 13. doi: 10.1186/2041-2223-5-13.Lippold S., Xu H., Ko A., Li M., Renaud G., Butthof A., Schröder R., Stoneking M. Human paternal and maternal demographic histories: insights from high-resolution Y chromosome and mtDNA sequences. Investig Genet. 2014; 5: 13. doi: 10.1186/2041-2223-5-13.Weissensteiner H., Pacher D., Kloss-Brandstätter A., Forer L., Specht G., Bandelt H.J., Kronenberg F., Salas A., Schönherr S. HaploGrep 2: mitochondrial haplogroup classifcation in the era of high-throughput sequencing. Nucleic Acids Res. 2016; 44: 58–63. doi: 10.1093/nar/gkw233.Weissensteiner H., Pacher D., Kloss-Brandstätter A., Forer L., Specht G., Bandelt H.J., Kronenberg F., Salas A., Schönherr S. HaploGrep 2: mitochondrial haplogroup classifcation in the era of high-throughput sequencing. Nucleic Acids Res. 2016; 44: 58–63. doi: 10.1093/nar/gkw233.Lott M.T., Leipzig J.N., Derbeneva O., Xie H.M., Chalkia D., Sarmady M., Procaccio V., Wallace D.C. mtDNA Variation and Analysis Using Mitomap and Mitomaster. Curr Protoc Bioinformatics. 2013; 44(123). doi: 10.1002/0471250953.bi0123s44.Lott M.T., Leipzig J.N., Derbeneva O., Xie H.M., Chalkia D., Sarmady M., Procaccio V., Wallace D.C. mtDNA Variation and Analysis Using Mitomap and Mitomaster. Curr Protoc Bioinformatics. 2013; 44(123). doi: 10.1002/0471250953.bi0123s44.Castellana S., Biagini T., Petrizzelli F., Parca L., Panzironi N., Caputo V., Vescovi A.L., Carella M., Mazza T. MitImpact 3: modeling the residue interaction network of the Respiratory Chain subunits. Nucleic Acids Res. 2021; 49: 1282–8. doi: 10.1093/nar/gkaa1032.Castellana S., Biagini T., Petrizzelli F., Parca L., Panzironi N., Caputo V., Vescovi A.L., Carella M., Mazza T. MitImpact 3: modeling the residue interaction network of the Respiratory Chain subunits. Nucleic Acids Res. 2021; 49: 1282–8. doi: 10.1093/nar/gkaa1032.Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W.W., Hegde M., Lyon E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H.L.; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015; 17(5): 405–24. doi: 10.1038/gim.2015.30.Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W.W., Hegde M., Lyon E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H.L.; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015; 17(5): 405–24. doi: 10.1038/gim.2015.30.Рыжкова О.П., Кардымон О.Л., Прохорчук Е.Б., Коновалов Ф.А., Масленников А.Б., Степанов В.А., Афанасьев А.А., Заклязьминская Е.В., Ребриков Д.В., Савостьянов К.В., Глотов А.С., Костарева А.А., Павлов А.Е., Голубенко М.В., Поляков А.В., Куцев С.И. Руководство по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS) (редакция 2018, версия 2). Медицинская генетика. 2019; 18(2): 3–23. doi: 10.25557/2073-7998.2019.02.3-23Ryzhkova O.P., Kardymon O.L., Prohorchuk E.B., Konovalov F.A., Maslennikov A.B., Stepanov V.A., Afanasyev A.A., Zaklyazminskaya E.V., Rebrikov D.V., Savostianov K.V., Glotov A.S., Kostareva A.A., Pavlov A.E., Golubenko M.V., Polyakov A.V., Kutsev S.I. Guidelines for the interpretation of massive parallel sequencing variants (Update 2018, Vol. 2). 2019; 18(2): 3–23. (in Russian). doi: 10.25557/2073-7998.2019.02.3-23Andrews R.M., Kubacka I., Chinnery P.F. Lightowlers R.N., Turnbull D.M., Howell N. Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. Nat Genet. 1999; 23(2): 147. doi: 10.1038/13779.Andrews R.M., Kubacka I., Chinnery P.F. Lightowlers R.N., Turnbull D.M., Howell N. Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA. Nat Genet. 1999; 23(2): 147. doi: 10.1038/13779.Ingman M., Gyllensten U. mtDB: Human Mitochondrial Genome Database, a resource for population genetics and medical sciences. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 749–51. doi: 10.1093/nar/gkj010.Ingman M., Gyllensten U. mtDB: Human Mitochondrial Genome Database, a resource for population genetics and medical sciences. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 749–51. doi: 10.1093/nar/gkj010.Sanchez-Cespedes M., Parrella P., Nomoto S., Cohen D., Xiao Y., Esteller M., Jeronimo C., Jordan R.C., Nicol T., Koch W.M., Schoenberg M., Mazzarelli P., Fazio V.M., Sidransky D. Identifcation of a mononucleotide repeat as a major target for mitochondrial DNA alterations in human tumors. Cancer Res. 2001; 61(19): 7015–9.Sanchez-Cespedes M., Parrella P., Nomoto S., Cohen D., Xiao Y., Esteller M., Jeronimo C., Jordan R.C., Nicol T., Koch W.M., Schoenberg M., Mazzarelli P., Fazio V.M., Sidransky D. Identifcation of a mononucleotide repeat as a major target for mitochondrial DNA alterations in human tumors. Cancer Res. 2001; 61(19): 7015–9.Tipirisetti N.R., Govatati S., Pullari P., Malempati S., Thupurani M.K., Perugu S., Guruvaiah P., Rao K.L., Digumarti R.R., Nallanchakravarthula V., Bhanoori M., Satti V. Mitochondrial control region alterations and breast cancer risk: a study in South Indian population. PLoS One. 2014; 9(1). doi: 10.1371/journal.pone.0085363.Tipirisetti N.R., Govatati S., Pullari P., Malempati S., Thupurani M.K., Perugu S., Guruvaiah P., Rao K.L., Digumarti R.R., Nallanchakravarthula V., Bhanoori M., Satti V. Mitochondrial control region alterations and breast cancer risk: a study in South Indian population. PLoS One. 2014; 9(1). doi: 10.1371/journal.pone.0085363.Yacoubi Loueslati B., Troudi W., Cherni L., Rhomdhane K.B., Mota-Vieira L. Germline HVR-II mitochondrial polymorphisms associated with breast cancer in Tunisian women. Genet Mol Res. 2010; 9(3): 1690–700. doi: 10.4238/vol9-3gmr778.Yacoubi Loueslati B., Troudi W., Cherni L., Rhomdhane K.B., Mota-Vieira L. Germline HVR-II mitochondrial polymorphisms associated with breast cancer in Tunisian women. Genet Mol Res. 2010; 9(3): 1690–700. doi: 10.4238/vol9-3gmr778.Тихонов Д.Г., Винокуров М.М., Киприянова Н.С., Голубенко М.В. Роль митохондрий в развитии рака молочной железы. Российский онкологический журнал. 2022; 27(1): 5–19. doi: 10.17816/onco110904.Tikhonov D.G., Vinokurov M.M., Kipriyanova N.S., Golubenko M.V. The role of mitochondria in the development of breast cancer. Russian Journal of Oncology. 2022; 27(1): 5–19. (in Russian). doi: 10.17816/onco110904.Zou Y., Jia X., Zhang A.M., Wang W.Z., Li S., Guo X., Kong Q.P., Zhang Q., Yao Y.G. The MT-ND1 and MT-ND5 genes are mutational hotspots for Chinese families with clinical features of LHON but lacking the three primary mutations. Biochem Biophys Res Commun. 2010; 399(2): 179–85. doi: 10.1016/j.bbrc.2010.07.051.Zou Y., Jia X., Zhang A.M., Wang W.Z., Li S., Guo X., Kong Q.P., Zhang Q., Yao Y.G. The MT-ND1 and MT-ND5 genes are mutational hotspots for Chinese families with clinical features of LHON but lacking the three primary mutations. Biochem Biophys Res Commun. 2010; 399(2): 179–85. doi: 10.1016/j.bbrc.2010.07.051.Ma J., Coarfa C., Qin X., Bonnen P.E., Milosavljevic A., Versalovic J., Aagaard K. mtDNA haplogroup and single nucleotide polymorphisms structure human microbiome communities. BMC Genomics. 2014; 15: 257. doi: 10.1186/1471-2164-15-257.Ma J., Coarfa C., Qin X., Bonnen P.E., Milosavljevic A., Versalovic J., Aagaard K. mtDNA haplogroup and single nucleotide polymorphisms structure human microbiome communities. BMC Genomics. 2014; 15: 257. doi: 10.1186/1471-2164-15-257.Verma R.K., Kalyakulina A., Giuliani C., Shinde P., Kachhvah A.D., Ivanchenko M., Jalan S. Analysis of human mitochondrial genome cooccurrence networks of Asian population at varying altitudes. Sci Rep. 2021; 11(1): 133. doi: 10.1038/s41598-020-80271-8.Verma R.K., Kalyakulina A., Giuliani C., Shinde P., Kachhvah A.D., Ivanchenko M., Jalan S. Analysis of human mitochondrial genome cooccurrence networks of Asian population at varying altitudes. Sci Rep. 2021; 11(1): 133. doi: 10.1038/s41598-020-80271-8.Brandon M., Baldi P., Wallace D.C. Mitochondrial mutations in cancer. Oncogene 2006; 25(34): 4647–62. doi: 10.1038/sj.onc.1209607.Brandon M., Baldi P., Wallace D.C. Mitochondrial mutations in cancer. Oncogene 2006; 25(34): 4647–62. doi: 10.1038/sj.onc.1209607.Kopinski P.K., Singh L.N., Zhang S., Lott M.T., Wallace D.C. Mitochondrial DNA variation and cancer. Nat Rev Cancer. 2021; 21(7): 431–45. doi: 10.1038/s41568-021-00358-w.Kopinski P.K., Singh L.N., Zhang S., Lott M.T., Wallace D.C. Mitochondrial DNA variation and cancer. Nat Rev Cancer. 2021; 21(7): 431–45. doi: 10.1038/s41568-021-00358-w.Тихонов Д.Г., Молоков А.Ю., Белявская В.А., Ананина О.A., Гервас П.А. Эндогенные и экзогенные факторы риска, влияющие на уровень заболеваемости населения Якутии раком молочной железы. Сибирский онкологический журнал. 2023; 22(3): 5–15. doi: 10.21294/1814-4861-2023-22-3-5-15.Tikhonov D.G., Molokov A.Yu., Belyavskaya V.A., Ananina O.A., Gervas P.A. Endogenous and exogenous risk factors afecting the incidence of breast cancer in the population of Yakutia. Siberian Journal of Oncology. 2023; 22(3): 5–15. (in Russian). doi: 10.21294/1814-4861-2023-22-3-5-15.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.