oncotomskСибирский онкологический журналSiberian journal of oncology1814-48612312-3168Tomsk National Research Medical Сепtеr of the Russian Academy of Sciences10.21294/1814-4861-2026-25-1-18-27oncotomsk-4106Research ArticleКЛИНИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯCLINICAL STUDIESПерспективные технологии молекулярно-генетической диагностики у пациентов с протоковой аденокарциномой поджелудочной железыPromising molecular genetic diagnostic technologies in patients with pancreatic ductal adenocarcinomahttps://orcid.org/0000-0002-4230-8033ШабунинА. В.ShabuninA. V.

Шабунин Алексей Васильевич, доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, директор; заведующий кафедрой хирургии, трансплантологии, прикладной онкологии Researcher ID (WOS): AFE-8506-2022. Author ID (Scopus): 57201321065. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5;125993, г. Москва, ул. Баррикадная, 2/1

Alexey V. Shabunin, MD, DSc, Professor, Academician of the Russian Academy of Sciences, Director; Head of the Department of Surgery, Transplantology and Applied Oncology Researcher ID (WOS): AFE-8506-2022. Author ID (Scopus): 57201321065 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284;2/1 Barrikadnaya St., Moscow, 125993

https://orcid.org/0000-0003-0335-1204ТавобиловМ. М.TavobilovM. M.

Тавобилов Михаил Михайлович, доктор медицинских наук, профессор кафедры хирургии; заведующий отделением гепатопанкреатобилиарной хирургии Researcher ID (WOS): L-6836-2018. Author ID (Scopus): 57201310779. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5;125993, г. Москва, ул. Баррикадная, 2/1

Mikhail M. Tavobilov, MD, DSc, Professor, Department of Surgery; Head of the Department of Hepatopancreatobiliary Surgery Researcher ID (WOS): L-6836-2018. Author ID (Scopus): 57201310779 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284;2/1 Barrikadnaya St., Moscow, 125993

https://orcid.org/0000-0001-5699-3695БагателияЗ. А.BagateliyaZ. A.

Багателия Зураб Антонович, доктор медицинских наук, первый заместитель директора; профессор кафедры хирургии, трансплантологии, прикладной онкологии Researcher ID (WOS): AAB-4666-2022. Author ID (Scopus): 57199512152 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5;125993, г. Москва, ул. Баррикадная, 2/1

Zurab A. Bagateliya, MD, DSc, First Deputy Director; Professor, Department of Surgery, Transplantology and Applied Oncology Researcher ID (WOS): AAB-4666-2022. Author ID (Scopus): 57199512152 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284;2/1 Barrikadnaya St., Moscow, 125993

https://orcid.org/0000-0001-5366-1281ЛебедевС. С.LebedevS. S.

Лебедев Сергей Сергеевич, доктор медицинских наук, заместитель главного врача по онкологии; профессор кафедры хирургии, трансплантологии, прикладной онкологии Researcher ID (WOS): WU-5325-2024. Author ID (Scopus): 7103044979. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5;125993, г. Москва, ул. Баррикадная, 2/1

Sergey S. Lebedev, MD, DSc, Deputy Chief Physician for Oncology; Professor, Department of Surgery, Transplantology and Applied Oncology Researcher ID (WOS): WU-5325- 2024. Author ID (Scopus): 7103044979 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284;2/1 Barrikadnaya St., Moscow, 125993

https://orcid.org/0000-0003-0362-1905КобзевЮ. Н.KobzevYu. N.

Кобзев Юрий Николаевич, кандидат медицинских наук, заведующий молекулярно-генетической лабораторией Researcher ID (WOS): D-9170-2019. Author ID (Scopus): 6603164042. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5

Yury N. Kobzev, MD, PhD, Head of the Molecular Genetics Laboratory Researcher ID (WOS): D-9170-2019. Author ID (Scopus): 6603164042. 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284

https://orcid.org/0000-0002-9461-6791ЛанцыноваА. В.LantsynovaA. V.

Ланцынова Айса Владимировна, кандидат медицинских наук, младший научный сотрудник, хирург отделения гепатопанкреатобилиарной хирургии Researcher ID (WOS): HKE-1684-2023. Author ID (Scopus): 58092172900 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5

Aysa V. Lantsynova, MD, PhD, Junior Researcher, Surgeon, Department of Hepatopancreatobiliary Surgery Researcher ID (WOS): HKE-1684- 2023. Author ID (Scopus): 58092172900 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284

https://orcid.org/0000-0001-9871-114XАбрамовК. А.AbramovK. A.

Абрамов Кирилл Андреевич, кандидат медицинских наук, младший научный сотрудник, хирург отделения гепатопанкреатобилиарной хирургии Researcher ID (WOS): HPH-5187-2023. Author ID (Scopus): 58092186200 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5

Kirill A. Abramov, MD, PhD, Junior Researcher, Surgeon, Department of Hepatopancreatobiliary Surgery Researcher ID (WOS): HPH-5187- 2023. Author ID (Scopus): 58092186200 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284

https://orcid.org/0000-0002-7870-808XКудряшЕ. Б.KudryashE. B.

Кудряш Евгений Борисович, аспирант; хирург отделения гепатопанкреатобилиарной хирургии Researcher ID (WOS): PJA-7417-2026. Author ID (Scopus): 58513482800. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5;125993, г. Москва, ул. Баррикадная, 2/1

Evgeniy B. Kudryash, MD, Postgraduate; Surgeon, Department of Hepatopancreatobiliary Surgery Researcher ID (WOS): PJA-7417-2026. Author ID (Scopus): 58513482800 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284;2/1 Barrikadnaya St., Moscow, 125993

https://orcid.org/0000-0001-9671-390XАладинМ. Н.AladinM. N.

Аладин Марк Николаевич, хирург отделения гепатопанкреатобилиарной хирургии Researcher ID (WOS): GRJ-8256-2022. 

125284, г. Москва, 2-й Боткинский пр-д, 5

Mark N. Aladin, MD, Surgeon, Department of Hepatopancreatobiliary Surgery Researcher ID (WOS): GRJ-8256-2022. 

5, 2nd Botkinsky Proezd, Moscow, 125284

ГБУЗ «Московский многопрофильный научно-клинический центр им. С.П. Боткина» Департамента здравоохранения г. Москвы; ФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Минздрава РоссииРоссияS.P. Botkin Moscow Multidisciplinary Research and Clinical Center, Moscow Healthcare Department; Russian Medical Academy of Continuous Professional Education, Ministry of Health of RussiaRussian FederationГБУЗ «Московский многопрофильный научно-клинический центр им. С.П. Боткина» Департамента здравоохранения г. МосквыРоссияS.P. Botkin Moscow Multidisciplinary Research and Clinical Center, Moscow Healthcare DepartmentRussian Federation2026070420262511827Copyright © Шабунин А.В., Тавобилов М.М., Багателия З.А., Лебедев С.С., Кобзев Ю.Н., Ланцынова А.В., Абрамов К.А., Кудряш Е.Б., Аладин М.Н., 20262026Шабунин А.В., Тавобилов М.М., Багателия З.А., Лебедев С.С., Кобзев Ю.Н., Ланцынова А.В., Абрамов К.А., Кудряш Е.Б., Аладин М.Н.Shabunin A.V., Tavobilov M.M., Bagateliya Z.A., Lebedev S.S., Kobzev Y.N., Lantsynova A.V., Abramov K.A., Kudryash E.B., Aladin M.N.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.siboncoj.ru/jour/article/view/4106

Цель исследования – оценка диагностических и прогностических возможностей технологии QClamp™ real-time ПЦР для выявления цоДНК с мутациями гена KRAS у пациентов с протоковой аденокарциномой поджелудочной железы. Материал и методы. В исследование включено 119 пациентов с различной распространенностью рака поджелудочной железы (РПЖ). Из плазмы крови выделяли внеклеточную ДНК и проводили детекцию наиболее распространенных соматических мутаций KRAS с использованием XNA-опосредованного подавления амплификации дикого типа. Результаты. Мутации KRAS в плазме крови выявлены у 23,5 % пациентов, при этом частота обнаружения цоДНК возрастала с прогрессированием заболевания и достигала при местнораспространенном РПЖ – 66,7 % и при метастатическом – 25,0 %. У больных с резектабельными стадиями (I–II) рака поджелудочной железы цоДНК выявлялась в 15,6 % случаев, однако ее наличие было ассоциировано с достоверно худшей общей и безрецидивной выживаемостью. Концентрация общей внеклеточной ДНК существенно варьировала и не коррелировала напрямую со стадией заболевания, что подтверждает ограниченную информативность этого показателя без молекулярного анализа. Заключение. Полученные данные свидетельствуют, что QClamp™ ПЦР является быстрым и технически выполнимым методом детекции цоДНК, обладающим высокой специфичностью. Наибольшее клиническое применение технология может иметь в прогнозировании течения заболевания и мониторинге минимальной остаточной болезни после хирургического лечения, дополняя существующие клинико-инструментальные подходы.

The aim of this study was to evaluate the diagnostic and prognostic potential of QClamp™ real-time PCR technology for the detection of ctDNA carrying KRAS gene mutations in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma. Material and Methods. The study included 119 patients with different stages of pancreatic cancer. Cell-free DNA was isolated from blood plasma, and the most common somatic KRAS mutations were detected using XNA-mediated suppression of wild-type DNA amplifcation. Results. KRAS mutations in plasma were identifed in 23.5 % of patients, with the detection rate of ctDNA increasing with disease progression, reaching 66.7 % in locally advanced disease and 25.0 % in metastatic pancreatic cancer. In patients with resectable stages (I–II), ctDNA was detected in only 15.6 % of cases; however, its presence was associated with signifcantly worse overall survival and recurrence-free survival. The concentration of total cell-free DNA varied substantially and did not directly correlate with disease stage, indicating the limited informative value of this parameter in the absence of molecular analysis. Conclusion. The results obtained demonstrate that QClamp™ PCR is a rapid and technically feasible method for ctDNA detection with high specifcity. The greatest clinical applicability of this technology may lie in prognostication and monitoring of minimal residual disease after surgical treatment, complementing existing clinical and instrumental approaches.

рак поджелудочной железыжидкостная биопсияцоДНКмолекулярногенетическая диагностикаминимальная резидуальная болезньNGSreal-time PCRpancreatic cancerliquid biopsycirculating tumor DNAmolecular genetic diagnosticsminimal residual diseaseNGSreal-time PCRReferencesSiegel R.L., Miller K.D., Jemal A. Cancer statistics, 2020. CA Cancr J Clin. 2020; 70(1): 7–30. doi: 10.3322/caac.21590.Siegel R.L., Miller K.D., Jemal A. Cancer statistics, 2020. CA Cancr J Clin. 2020; 70(1): 7–30. doi: 10.3322/caac.21590.Bettegowda C., Sausen M., Leary R.J., Kinde I., Wang Y., Agrawal N., Bartlett B.R., Wang H., Luber B., Alani R.M., Antonarakis E.S., Azad N.S., Bardelli A., Brem H., Cameron J.L., Lee C.C., Fecher L.A., Gallia G.L., Gibbs P., Le D., Giuntoli R.L., Goggins M., Hogarty M.D., Holdhoff M., Hong S.M., Jiao Y., Juhl H.H., Kim J.J., Siravegna G., Laheru D.A., Lauricella C., Lim M., Lipson E.J., Marie S.K., Netto G.J., Oliner K.S., Olivi A., Olsson L., Riggins G.J., Sartore-Bianchi A., Schmidt K., Shih L.M., ObaShinjo S.M., Siena S., Theodorescu D., Tie J., Harkins T.T., Veronese S., Wang T.L., Weingart J.D., Wolfgang C.L., Wood L.D., Xing D., Hruban R.H., Wu J., Allen P.J., Schmidt C.M., Choti M.A., Velculescu V.E., Kinzler K.W., Vogelstein B., Papadopoulos N., Diaz L.A. Jr. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014; 6(224): 224ra24. doi: 10.1126/scitranslmed.3007094.Bettegowda C., Sausen M., Leary R.J., Kinde I., Wang Y., Agrawal N., Bartlett B.R., Wang H., Luber B., Alani R.M., Antonarakis E.S., Azad N.S., Bardelli A., Brem H., Cameron J.L., Lee C.C., Fecher L.A., Gallia G.L., Gibbs P., Le D., Giuntoli R.L., Goggins M., Hogarty M.D., Holdhoff M., Hong S.M., Jiao Y., Juhl H.H., Kim J.J., Siravegna G., Laheru D.A., Lauricella C., Lim M., Lipson E.J., Marie S.K., Netto G.J., Oliner K.S., Olivi A., Olsson L., Riggins G.J., Sartore-Bianchi A., Schmidt K., Shih L.M., ObaShinjo S.M., Siena S., Theodorescu D., Tie J., Harkins T.T., Veronese S., Wang T.L., Weingart J.D., Wolfgang C.L., Wood L.D., Xing D., Hruban R.H., Wu J., Allen P.J., Schmidt C.M., Choti M.A., Velculescu V.E., Kinzler K.W., Vogelstein B., Papadopoulos N., Diaz L.A. Jr. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014; 6(224): 224ra24. doi: 10.1126/scitranslmed.3007094.Theparee T., Akroush M., Sabatini L.M., Wang V., Mangold K.A., Joseph N., Stocker S.J., Freedman A., Helseth D.L., Talamonti M.S., Kaul K.L. Cell free DNA in patients with pancreatic adenocarcinoma: clinicopathologic correlations. Sci Rep. 2024; 14(1): 15744. doi: 10.1038/s41598-024-65562-8.Theparee T., Akroush M., Sabatini L.M., Wang V., Mangold K.A., Joseph N., Stocker S.J., Freedman A., Helseth D.L., Talamonti M.S., Kaul K.L. Cell free DNA in patients with pancreatic adenocarcinoma: clinicopathologic correlations. Sci Rep. 2024; 14(1): 15744. doi: 10.1038/s41598-024-65562-8.Strobel O., Neoptolemos J.P., Jäger D., Büchler M.W. Optimizing the outcomes of pancreatic cancer surgery. Nat Rev Clin Oncol. 2019; 16(1): 11–26. doi: 10.1038/s41571-018-0112-1.Strobel O., Neoptolemos J.P., Jäger D., Büchler M.W. Optimizing the outcomes of pancreatic cancer surgery. Nat Rev Clin Oncol. 2019; 16(1): 11–26. doi: 10.1038/s41571-018-0112-1.Cicenas J., Kvederaviciute K., Meskinyte I., Meskinyte-Kausiliene E., Skeberdyte A., Cicenas J.Jr. KRAS, TP53, CDKN2A, SMAD4, BRCA1, and BRCA2 Mutations in Pancreatic Cancer. Cancers (Basel). 2017; 9(5): 42. doi: 10.3390/cancers9050042.Cicenas J., Kvederaviciute K., Meskinyte I., Meskinyte-Kausiliene E., Skeberdyte A., Cicenas J.Jr. KRAS, TP53, CDKN2A, SMAD4, BRCA1, and BRCA2 Mutations in Pancreatic Cancer. Cancers (Basel). 2017; 9(5): 42. doi: 10.3390/cancers9050042.Zill O.A., Greene C., Sebisanovic D., Siew L.M., Leng J., Vu M., Hendifar A.E., Wang Z., Atreya C.E., Kelley R.K., van Loon K., Ko A.H., Tempero M.A., Bivona T.G., Munster P.N., Talasaz A., Collisson E.A. Cell-free DNA next-generation sequencing in pancreatobiliary carcinomas. Cancer Discov. 2015; 5(10): 1040–48. doi: 10.1158/2159-8290. CD-15-0274.Zill O.A., Greene C., Sebisanovic D., Siew L.M., Leng J., Vu M., Hendifar A.E., Wang Z., Atreya C.E., Kelley R.K., van Loon K., Ko A.H., Tempero M.A., Bivona T.G., Munster P.N., Talasaz A., Collisson E.A. Cell-free DNA next-generation sequencing in pancreatobiliary carcinomas. Cancer Discov. 2015; 5(10): 1040–48. doi: 10.1158/2159-8290. CD-15-0274.Pietrasz D., Pécuchet N., Garlan F., Didelot A., Dubreuil O., Doat S., Imbert-Bismut F., Karoui M., Vaillant J.C., Taly V., Laurent-Puig P., Bachet J.B. Plasma circulating tumor DNA in pancreatic cancer patients is a prognostic marker. Clin Cancer Res. 2017; 23(1): 116–23. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-16-0806.Pietrasz D., Pécuchet N., Garlan F., Didelot A., Dubreuil O., Doat S., Imbert-Bismut F., Karoui M., Vaillant J.C., Taly V., Laurent-Puig P., Bachet J.B. Plasma circulating tumor DNA in pancreatic cancer patients is a prognostic marker. Clin Cancer Res. 2017; 23(1): 116–23. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-16-0806.Strijker M., Soer E.C., de Pastena M., Creemers A., Balduzzi A., Beagan J.J., Busch O.R., van Delden O.M., Halfwerk H., van Hooft J.E., van Lienden K.P., Marchegiani G., Meijer S.L., van Noesel C.J., Reinten R.J., Roos E., Schokker S., Verheij J., van de Vijver M.J., Waasdorp C., Wilmink J.W., Ylstra B., Besselink M.G., Bijlsma M.F., Dijk F., van Laarhoven H.W. Circulating tumor DNA quantity is related to tumor volume and both predict survival in metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma. Int J Cancer. 2020; 146(5): 1445–56. doi: 10.1002/ijc.32586.Strijker M., Soer E.C., de Pastena M., Creemers A., Balduzzi A., Beagan J.J., Busch O.R., van Delden O.M., Halfwerk H., van Hooft J.E., van Lienden K.P., Marchegiani G., Meijer S.L., van Noesel C.J., Reinten R.J., Roos E., Schokker S., Verheij J., van de Vijver M.J., Waasdorp C., Wilmink J.W., Ylstra B., Besselink M.G., Bijlsma M.F., Dijk F., van Laarhoven H.W. Circulating tumor DNA quantity is related to tumor volume and both predict survival in metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma. Int J Cancer. 2020; 146(5): 1445–56. doi: 10.1002/ijc.32586.Sivapalan L., Thorn G.J., Gadaleta E., Kocher H.M., Ross-Adams H., Chelala C. Longitudinal profling of circulating tumour DNA for tracking tumour dynamics in pancreatic cancer. BMC Cancer. 2022; 22(1): 369. doi: 10.1186/s12885-022-09387-6.Sivapalan L., Thorn G.J., Gadaleta E., Kocher H.M., Ross-Adams H., Chelala C. Longitudinal profling of circulating tumour DNA for tracking tumour dynamics in pancreatic cancer. BMC Cancer. 2022; 22(1): 369. doi: 10.1186/s12885-022-09387-6.Kitahata Y., Kawai M., Hirono S., Okada K.I., Miyazawa M., Motobayashi H., Ueno M., Hayami S., Miyamoto A., Yamaue H. Circulating Tumor DNA as a Potential Prognostic Marker in Patients with BorderlineResectable Pancreatic Cancer Undergoing Neoadjuvant Chemotherapy Followed by Pancreatectomy. Ann Surg Oncol. 2022; 29(3): 1596–605. doi: 10.1245/s10434-021-10985-0.Kitahata Y., Kawai M., Hirono S., Okada K.I., Miyazawa M., Motobayashi H., Ueno M., Hayami S., Miyamoto A., Yamaue H. Circulating Tumor DNA as a Potential Prognostic Marker in Patients with BorderlineResectable Pancreatic Cancer Undergoing Neoadjuvant Chemotherapy Followed by Pancreatectomy. Ann Surg Oncol. 2022; 29(3): 1596–605. doi: 10.1245/s10434-021-10985-0.Cohen J.D., Li L., Wang Y., Thoburn C., Afsari B., Danilova L., Douville C., Javed A.A., Wong F., Mattox A., Hruban R.H., Wolfgang C.L., Goggins M.G., Dal Molin M., Wang T.L., Roden R., Klein A.P., Ptak J., Dobbyn L., Schaefer J., Silliman N., Popoli M., Vogelstein J.T., Browne J.D., Schoen R.E., Brand R.E., Tie J., Gibbs P., Wong H.L., Mansfeld A.S., Jen J., Hanash S.M., Falconi M., Allen P.J., Zhou S., Bettegowda C., Diaz L.A. Jr., Tomasetti C., Kinzler K.W., Vogelstein B., Lennon A.M., Papadopoulos N. Detection and localization of surgically resectable cancers with a multi-analyte blood test. Science. 2018; 359(6378): 926–30. doi: 10.1126/science.aar3247.Cohen J.D., Li L., Wang Y., Thoburn C., Afsari B., Danilova L., Douville C., Javed A.A., Wong F., Mattox A., Hruban R.H., Wolfgang C.L., Goggins M.G., Dal Molin M., Wang T.L., Roden R., Klein A.P., Ptak J., Dobbyn L., Schaefer J., Silliman N., Popoli M., Vogelstein J.T., Browne J.D., Schoen R.E., Brand R.E., Tie J., Gibbs P., Wong H.L., Mansfeld A.S., Jen J., Hanash S.M., Falconi M., Allen P.J., Zhou S., Bettegowda C., Diaz L.A. Jr., Tomasetti C., Kinzler K.W., Vogelstein B., Lennon A.M., Papadopoulos N. Detection and localization of surgically resectable cancers with a multi-analyte blood test. Science. 2018; 359(6378): 926–30. doi: 10.1126/science.aar3247.Diaz L.A.Jr., Bardelli A. Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNA. J Clin Oncol. 2014; 32(6): 579–86. doi: 10.1200/JCO.2012.45.2011.Diaz L.A.Jr., Bardelli A. Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNA. J Clin Oncol. 2014; 32(6): 579–86. doi: 10.1200/JCO.2012.45.2011.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.