oncotomskСибирский онкологический журналSiberian journal of oncology1814-48612312-3168Tomsk National Research Medical Сепtеr of the Russian Academy of Sciences10.21294/1814-4861-2026-25-3-152-158oncotomsk-4331Research ArticleСЛУЧАЙ ИЗ КЛИНИЧЕСКОЙ ПРАКТИКИCASE REPORTSКлинический случай: новый вариант в гене NF1 у пациента с нейрофиброматозом 1-го типаA novel variant of NF1 gene in a patient with neurofibromatosis type 1: a case reporthttps://orcid.org/0000-0001-6848-7749ЖалсановаИ. Ж.ZhalsanovaI. Zh.

Жалсанова Ирина Жаргаловна, младший научный сотрудник лаборатории геномики орфанных болезней, Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр, Российская академия наук; младший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии, Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Researcher ID (WOS): X-7377-2018. Author ID (Scopus): 57207774844.

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10; 634009, г. Томск, пер. Кооперативный, 5

Irina Zh. Zhalsanova, Junior Researcher, Laboratory of Genomics of Orphan Diseases, Research Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science; Junior Researcher, Laboratory of Tumor Progression Biology, Cancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science

Researcher ID (WOS): X-7377-2018. Author ID (Scopus): 57207774844. 

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050; 5, Kooperativny st., Tomsk, 634009

irina.zhalsanova@medgenetics.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1338-5451ФоноваЕ. А.FonovaE. A.

Фонова Елизавета Алексеевна, кандидат медицинских наук, младший научный сотрудник лаборатории геномики орфанных болезней

Researcher ID (WOS): AAF-4294-2019. Author ID (Scopus): 57217150294.

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10

Elizaveta A. Fonova, MD, PhD, Junior Researcher, Laboratory of Genomics of Orphan Diseases

Researcher ID (WOS): AAF-4294-2019. Author ID (Scopus): 57217150294.

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050

https://orcid.org/0009-0004-3444-9460ЕрбуроваД. Н.ErburovaD. N.

Ербурова Дарья Николаевна, младший научный сотрудник лаборатории геномики орфанных болезней

Researcher ID (WOS): LVS-2946-2024. 

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10

Daria N. Erburova, Junior Researcher, Laboratory of Genomics of Orphan Diseases

Researcher ID (WOS): LVS-2946-2024.

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050

https://orcid.org/0000-0003-4400-994XПетроваВ. В.PetrovaV. V.

Петрова Валерия Викторовна, педиатр

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10

Valeria V. Petrova, MD, Pediatrician, Research Institute of Medical Genetics

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050

https://orcid.org/0000-0002-7255-5756КирееваТ. Н.KireevaT. N.

Киреева Татьяна Николаевна, кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории геномики орфанных болезней

Researcher ID (WOS): ABD-1630-2020. Author ID (Scopus): 56507034500. 

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10

Tatiana N. Kireeva, PhD, Research Scientist, Laboratory of Genomics of Orphan Diseases

Researcher ID (WOS): ABD-1630-2020. Author ID (Scopus): 56507034500.

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050

https://orcid.org/0000-0002-8421-1416СеитоваГ. Н.SeitovaG. N.

Сеитова Гульнара Наримановна, кандидат медицинских наук, главный врач генетической клиники

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10

Gulnara N. Seitova, MD, PhD, Chief Physician of the Genetic Clinic, Research Institute of Medical Genetics

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050

https://orcid.org/0000-0003-2391-481XЗерновН. В.ZernovN. V.

Зернов Николай Владимирович, кандидат биологических наук, специалист по биостатистике и анализу данных 

Researcher ID (WOS): AAC-2707-2020. Author ID (Scopus): 57190218290.

117997, г. Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Nikolai V. Zernov, PhD, Biostatistics and Data Analysis Specialist

Researcher ID (WOS): AAC-2707-2020. Author ID (Scopus): 57190218290.

16/10, Miklukho-Maklaya st., Moscow, 117997

https://orcid.org/0000-0002-2491-3141СкрябинН. А.SkryabinN. A.

Скрябин Николай Алексеевич, кандидат медицинских наук, руководитель лаборатории геномики орфанных болезней, Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр, Российская академия наук; научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии, Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; руководитель ЦКП «Медицинская геномика», Томский национальный исследовательский медицинский центр, Российская академия наук

Researcher ID (WOS): A-7862-2014. Author ID (Scopus): 54421211400.

634050, г. Томск, ул. Набережная Ушайки, 10; 634009, г. Томск, пер. Кооперативный, 5

 

Nikolay A. Skryabin, MD, PhD, Head of the Laboratory of Genomics of Orphan Diseases, Research Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science; Research Scientist, Laboratory of Tumor Progression Biology, Cancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science; Head of the Center for Collective Use “Medical Genomics”, Tomsk National Research Medical Center

Researcher ID (WOS): A-78622014. Author ID (Scopus): 54421211400.

10, Naberezhnaya Ushaiki st., Tomsk, 634050; 5, Kooperativny st., Tomsk, 634009

Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияResearch Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science; Cancer Research institute, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of ScienceRussian FederationНаучно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияResearch Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of ScienceRussian FederationООО «Биотехнологический кампус»РоссияBiotech Campus LLCRussian FederationНаучно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияResearch Institute of Medical Genetics, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Science; Cancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of ScienceRussian Federation202611072026253152158Copyright © Жалсанова И.Ж., Фонова Е.А., Ербурова Д.Н., Петрова В.В., Киреева Т.Н., Сеитова Г.Н., Зернов Н.В., Скрябин Н.А., 20262026Жалсанова И.Ж., Фонова Е.А., Ербурова Д.Н., Петрова В.В., Киреева Т.Н., Сеитова Г.Н., Зернов Н.В., Скрябин Н.А.Zhalsanova I.Z., Fonova E.A., Erburova D.N., Petrova V.V., Kireeva T.N., Seitova G.N., Zernov N.V., Skryabin N.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.siboncoj.ru/jour/article/view/4331Актуальность

Актуальность. Нейрофиброматоз 1 типа – распространенное наследственное заболевание с аутосомно-доминантным типом наследования, обусловленное патогенными генетическими вариантами в гене NF1, расположенном на хромосоме 17q11.2. Заболевание характеризуется высокой аллельной гетерогенностью и отсутствием четких гено-фенотипических корреляций, за исключением крупных делеций, ассоциированных с более тяжелым фенотипом. Клинически нейрофиброматоз характеризуется наличием множественных (>6) пятен цвета «кофе с молоком», нейрофибромами любого типа или плексиформными нейрофибромами, веснушками в подмышечных или паховых областях, гамартоматозными узелками Лиша радужной оболочки, глиомой зрительного нерва и костной дисплазией. В связи с этим описание каждого нового генетического варианта имеет существенное значение для расширения спектра известных вариантов и совершенствования молекулярной диагностики.

Описание клинического случая. Описывается клиническое и молекулярно-генетическое обследование мальчика 10 лет, у которого с раннего детства отмечаются множественные пятна цвета «кофе с молоком», нарушение речи, гипотрофия I степени, рахит, последствия перинатального поражения ЦНС, миотонический синдром и темповая задержка моторного развития. При магнитно-резонансной томографии головного мозга выявлены признаки очагового поражения обоих полушарий, червя мозжечка, подкорковых ядер слева, выявлена глиома правого зрительного нерва. На основании клинических критериев диагностирован нейрофиброматоз 1 типа. Проведено полногеномное секвенирование ДНК с последующим биоинформатическим анализом и подтверждением результатов прямым секвенированием по Сэнгеру. Выявлен ранее не описанный сложный вероятно патогенный вариант NM_001042492.3:c.4060_4068 delinsC гена NF1 в гетерозиготном состоянии. Данный вариант приводит к сдвигу рамки считывания и преждевременной терминации трансляции после синтеза 23 аминокислот (p.Ser1354Leufs*23). Данный вариант отсутствует в доступных популяционных базах данных генетических вариантов.

Заключение

Заключение. В результате полногеномного секвенирования выявлен новый патогенный вариант в гене NF1, ассоциированный с развитием нейрофиброматоза 1 типа. Полученные данные расширяют спектр вариантов при данной патологии и могут быть использованы при медико-генетическом консультировании, а также в алгоритмах молекулярно-генетической диагностики пациентов с подозрением на нейрофиброматоз 1 типа.

Background

Background. Neurofibromatosis type 1 is a common hereditary autosomal dominant disorder caused by pathogenic genetic variants in the NF1 gene located on chromosome 17q11.2. The disease is characterized by high allelic heterogeneity and the absence of clear genotypic correlations, with the exception of large deletions associated with a more severe phenotype. Clinically, neurofibromatosis is characterized by the presence of multiple (≥6) ‟café-au-lait” spots, neurofibromas of any type or plexiform neurofibromas, freckles in the axillary or inguinal areas, hamartomatous Lisch nodules of the iris, optic glioma, and bone dysplasia. Therefore, the description of each new genetic variant is essential for expanding the spectrum of known variants and improving molecular diagnostics.

Case Report

Case Report. The article describes a clinical and molecular genetic study of a 10-year-old boy. Since early childhood, the patient has had multiple “café-au-lait” spots, speech impairment, grade 1 hypotrophy, rickets, sequelae of perinatal CNS damage, myotonic syndrome, and a delay in motor development. Magnetic resonance imaging of the brain revealed signs of focal damage to both hemispheres, the cerebellar vermis, and the left subcortical nuclei, and a glioma of the right optic nerve was detected. Neurofibromatosis type 1 was diagnosed based on clinical criteria. Whole-genome DNA sequencing was performed, followed by bioinformatics analysis and confirmation of the results by direct Sanger sequencing. A previously undescribed complex, likely pathogenic variant NM_001042492.3:c.40 60_4068delinsC of the NF1 gene was identified in the heterozygous state. This variant leads to a reading frameshift and premature translation termination after the synthesis of 23 amino acids (p.Ser1354Leufs*23). This variant is not present in available population genetic variant databases.

Conclusion

Conclusion. Thus, whole-genome sequencing identified a new pathogenic variant in the NF1 gene associated with the development of neurofibromatosis type 1. The obtained data expand the range of variants for this pathology and can be used in medical genetic counseling, as well as in algorithms for molecular genetic diagnostics of patients with suspected neurofibromatosis type 1.

нейрофиброматознейрофибромыNF1массовое параллельное секвенированиепятна цвета «кофе с молоком»секвенирование геномаглиома зрительного нерваneurofibromatosisneurofibromasNF1massively parallel sequencingcafd-au-lait spotsgenome sequencingoptic nerve gliomaРабота выполнена в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ № 075-00490-25-04 (Регистрационный номер темы 125042105351-3).The study was carried out within the framework of the state assignment of the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation No. 075-00490-25-04 (Topic registration number 125042105351-3).ReferencesAdam M.P., Bick S., Mirzaa G.M., et at., editors. GeneReviews. Seattle (WA): University of Washington, Seattle. 1993-2026. (Friedman J.M. Neurofibromatosis 1). [Internet. [cited 26.03.2026. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1109/.Adam M.P., Bick S., Mirzaa G.M., et at., editors. GeneReviews. Seattle (WA): University of Washington, Seattle. 1993-2026. (Friedman J.M. Neurofibromatosis 1). [Internet. [cited 26.03.2026. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1109/.EvansD.G., Howard E., Giblin C., Clancy T, Spencer H., Huson S.M., LaUoo F Birth incidence and prevalence of tumor-prone syndromes: estimates from a UK family genetic register service. Am J Med Genet A. 2010; 152A(2): 327-32. doi: 10.1002/ajmg.a.33139.EvansD.G., Howard E., Giblin C., Clancy T, Spencer H., Huson S.M., LaUoo F Birth incidence and prevalence of tumor-prone syndromes: estimates from a UK family genetic register service. Am J Med Genet A. 2010; 152A(2): 327-32. doi: 10.1002/ajmg.a.33139.Koczkowska M., Callens T., Chen Y., et al. Clinical spectrum of individuals with pathogenic NF1 missense variants affecting p.Met1149, p.Arg1276, and p.Lys1423: genotype-phenotype study in neurofibromatosis type 1. Hum Mutat. 2020; 41(1): 299-315. doi: 10.1002/humu.23929.Koczkowska M., Callens T., Chen Y., et al. Clinical spectrum of individuals with pathogenic NF1 missense variants affecting p.Met1149, p.Arg1276, and p.Lys1423: genotype-phenotype study in neurofibromatosis type 1. Hum Mutat. 2020; 41(1): 299-315. doi: 10.1002/humu.23929.Нейрофиброматоз 1 типа. Клинические рекомендации. Союз педиатров России, Ассоциация медицинских генетиков и др. М., 2023. 143 с. URL: https://www.pediatr-russia.ru/information/klin-rek/proekty-klinicheskikhrekomendatsiy/index.php. (in Russian).НNeurofibromatosis type 1. Clinical guidelines. Union of Pediatricians of Russia, Association of Medical Geneticists, et. al. Moscow, 2023. 143 p. (in Russian). [Internet]. [cited 26.03.2026]. URL: https://www.pediatr-russia.ru/information/klin-rek/proekty-klinicheskikhrekomendatsiy/index.php. (in Russian).Trovó-Marqui A.B., Tajara E.H. Neurofibromin: a general outlook. Clin Genetics. 2006; 70(1): 1-13. doi: 10.1111/j.1399-0004.2006.00639.x.Trovó-Marqui A.B., Tajara E.H. Neurofibromin: a general outlook. Clin Genetics. 2006; 70(1): 1-13. doi: 10.1111/j.1399-0004.2006.00639.x.Boyd K.P., Korf B.R., Theos A. Neurofibromatosis type 1. J Am Acad Dermatol. 2009; 61(1): 1-14. doi: 10.1016/j.jaad.2008.12.051.Boyd K.P., Korf B.R., Theos A. Neurofibromatosis type 1. J Am Acad Dermatol. 2009; 61(1): 1-14. doi: 10.1016/j.jaad.2008.12.051.ClinVar [Internet. [cited 26.03.2026. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar.ClinVar [Internet. [cited 26.03.2026. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.