Preview

Сибирский онкологический журнал

Расширенный поиск

МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК: ВОЗМОЖНОСТИ И ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В ОНКОЛОГИ

Полный текст:

Аннотация

Аномалии метилирования ДНК играют значительную роль в возникновении и развитии онкологических заболеваний. В связи с этим возникает необходимость в изучении данных аберраций для более полного понимания патогенеза злокачественной трансформации. Для этого нужны адекватные и объективные методы исследования. В литературном обзоре представлены основные методы исследования метилирования ДНК, а также оценены возможности их применения для выявления различных типов эпигенетических аномалий.

Об авторах

Н. А. Скрябин
ФГБУ «НИИ медицинской генетики» СО РАМН
Россия


А. А. Кашеварова
ФГБУ «НИИ медицинской генетики» СО РАМН
Россия


Е. В. Денисов
ФГБУ «НИИ онкологии» СО РАМН, г. Томск
Россия


И. Н. Лебедев
ФГБУ «НИИ медицинской генетики» СО РАМН
Россия


Список литературы

1. Кузнецова Е.Б., Дрозд О.В., Бабенко О.В. и др. Идентификация генов, вовлеченных в канцерогенез, методом метилчувствительного ПЦР-фингерпринтинга//Медицинская генетика. 2004. Т. 3, № 12.С. 563-568

2. Пономарева А.А., Рыкова Е.Ю., Чердынцева Н.В. и др. Сравнительный анализ эпигенетических и белковых маркеров в крови больных немелкоклеточным раком легких//Сибирский онкологический журнал. 2011. № 5 (47). С. 40-45

3. Скрябин Н.А., Лебедев И.Н., Толмачева Е.Н. и др. Эпигенетика процесса раннего лимфогенного метастазирования при раке молочной железы//Вопросы онкологии. 2011. Т. 57, № 6. С. 717-721

4. Скрябин Н.А., Толмачева Е.Н., Лебедев И.Н. и др. Динамика аномалий метилирования функциональных групп генов при развитии рака молочной железы//Молекулярная биология. 2013. Т. 47, № 2. С. 302-310

5. Стрельников В.В., Танас А.С., Шкарупо В.В. и др. Современный высокотехнологичный метод скрининга дифференциального метилирования геномов на основе амплификации интерметилированных сайтов//Молекулярная медицина. 2009. № 4. С. 18-26

6. Ammerpohl O., Martin-Subero J.I., Richter J. et al. Hunting for the 5th base: Techniques for analyzing DNA methylation//Biochim. Biophys. Acta. 2009. Vol. 1790 (9). P. 847-862

7. Bibikova M., Le J., Barnes B. et al. Genome-wide DNA methylation profiling using Infinium assay//Epigenomics. 2009. Vol. 1 (1). P. 177-200

8. Borgel J., Guibert S., Weber M. Methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP) from low amounts of cells//Methods Mol. Biol. 2012. Vol. 925. P. 149-158

9. Bork S., Pfister S., Witt H. et al. DNA methylation pattern changes upon long-term culture and aging of human mesenchymal stromal cells//Aging Cell. 2010. Vol. 9 (1). P. 54-63

10. Buck M.J., Lieb J.D. ChIP-chip: considerations for the design, analysis, and application of genome-wide chromatin immunoprecipitation experiments//Genomics. 2004. Vol. 83 (3). P. 349-360

11. Clark S.J., Harrison J., Paul C.L., Frommer M. High sensitivity mapping of methylated cytosines//Nucleic Acids Res. 1994. Vol. 22 (15). P. 2990-2997

12. Costello J.F., Hong C., Plass C., Smiraglia D.J. Restriction landmark genomic scanning: analysis of CpG islands in genomes by 2D gel electrophoresis//Methods Mol. Biol. 2009. Vol. 507. P. 131-148

13. Denisov E.V., Sukhanovskaya T.V., Dultseva T.S. et al. Coordination of TP53 abnormalities in breast cancer: data from analysis of TP53 polymorphisms, loss of heterozygosity, methylation, and mutations//Genet. TestMol. Biomarkers. 2011. Vol. 15 (12). P. 901-907

14. Dikow N., Nygren A.O., Schouten J.P. et al. Quantification of the methylation status of the PWS/AS imprinted region: comparison of two approaches based on bisulfite sequencing and methylation-sensitive MLPA//Mol. Cell Probes. 2007. Vol. 21 (3). P. 208-215

15. Dunwell T., Hesson L., Rauch T.A. et al. A genome-wide screen identifies frequently methylated genes in haematological and epithelial cancers//Mol. Cancer. 2010. Vol. 9 (44) DOI: 10.1186/1476-4598-9-44

16. Eads C.A., Danenberg K.D., Kawakami K. et al. MethyLight: a high-throughput assay to measure DNA methylation//Nucleic Acids Res. 2000. Vol. 28 (8). е32

17. Esteller M. Epigenetics in cancer//N. Engl. J. Med. 2008. Vol. 358. P. 1148-1159

18. Euhus D.M., Bu D., Milchgrub S. et al. DNA methylation in benign breast epithelium in relation to age and breast cancer risk//Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. 2008. Vol. 17(5). P. 1051-1059

19. Feinberg A.P. Genome-scale approaches to the epigenetics of common human disease//Virchows Arch. 2010. Vol. 456. P. 13-21

20. Feinberg A.P., Ohlsson R., Henikoff S. The epigenetic progenitor origin of human cancer//Nature Reviews. 2006. Vol. 7. P. 21-33

21. Frigola J., Ribas M., Risques R.A., Peinado M.A. Methylome profiling of cancer cells by amplification of inter-methylated sites (AIMS)//Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30 (7). e28

22. Frommer M., McDonald L.E., Millar D.S. et al. A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. Vol. 89 (5). P. 1827-1831

23. Goelz S.E., Vogelstein B., Hamilton S.R., Feinberg A.P. Hypomethylation of DNA from benign and malignant human colon neoplasms//Science. 1985. Vol. 228 (4696). P. 187-190

24. Gonzalgo M.L., Liang G., Spruck C.H. et al. Identification and characterization of differentially methylated regions of genomic DNA by methylation-sensitive arbitrarily primed PCR//Cancer Res. 1997. Vol. 57 (4). P. 594-599

25. Grafodatskaya D., Choufani S., Ferreira J.C. et al. EBV transformation and cell culturing destabilizes DNA methylation in human lymphoblastoid cell lines//Genomics. 2010. Vol. 95 (2). P. 73-83

26. Herman J.G., Graff J.R., Myohanen S. et al. Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. Vol. 93 (18). P. 9821-9826

27. Hill V.K., Hesson L.B., Dansranjavin T. et al. Identification of 5 novel genes methylated in breast and other epithelial cancers//Mol. Cancer. 2010. Vol. 9 (51) DOI: 10.1186/1476-4598-9-51

28. Irahara N., Nosho K., Baba Y. et al. Precision of pyrosequencing assay to measure LINE-1 methylation in colon cancer, normal colonic mucosa,and peripheral blood cells//J. Mol. Diagn. 2010. Vol. 12 (2). P. 177-183

29. Kanduri M., Cahill N., Goransson H. et al. Differential genome-wide array-based methylation profiles in prognostic subsets of chronic lymphocytic leukemia//Blood. 2010. Vol. 115 (2). P. 296-305

30. Kuznetsova E.B., Kekeeva T.V., Larin S.S. et al. Methylation of the BIN1 gene promoter CpG island associated with breast and prostate cancer//J. Carcinog. 2007. Vol. 6. P. 9

31. Link D.C., Schuettpelz L.G., Shen D. et al. Identification of a novel TP53 cancer susceptibility mutation through whole-genome sequencing of a patient with therapy-related AML//JAMA. 2011. Vol. 305. P. 1568-1576

32. Meissner A., Mikkelsen T.S., Gu H. et al. Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells//Nature. 2008. Vol. 454. P. 766-770

33. Park S.Y., Kwon H.Y., Lee H.E. et al. Promoter CpG island hypermethylation during breast cancer progression//Virchows Arch. 2011. Vol. 458. P. 73-84

34. Ponomaryova A.A., Rykova E.Y., Cherdyntseva N.V. et al. Concentration and Distribution of Single-Copy β-Actin Gene and LINE-1 Repetitive Elements in Blood of Lung Cancer Patients//CNAPS. Еd. P.B. Gahan, 2011. Ch. 6. P. 41-45

35. Shendure J., Ji H. Next-generation DNA sequencing//Nat. Biotechnol. 2008. Vol. 26 (10). P. 1135-1145

36. Tost J., Gut I.G. DNA methylation analysis by pyrosequencing//Nat. Protoc. 2007. Vol. 2 (9). P. 2265-2275

37. Umlauf D., Goto Y., Feil R. Site-specific analysis of histone methylation and acetylation//Methods Mol Biol. 2004. Vol. 287. P. 99-120

38. Ushijima T., Morimura K., Hosoya Y. et al. Establishment of methylation-sensitive-representational difference analysis and isolation of hypo-and hypermethylated genomic fragments in mouse liver tumors//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. Vol. 94 (6). P. 2284-2289

39. Xiong Z., Laird P.W. COBRA: a sensitive and quantitative DNA methylation assay//Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25 (12). P. 2532-2534


Для цитирования:


Скрябин Н.А., Кашеварова А.А., Денисов Е.В., Лебедев И.Н. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК: ВОЗМОЖНОСТИ И ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В ОНКОЛОГИ. Сибирский онкологический журнал. 2013;1(6):64-69.

For citation:


Skryabin N.A., Kashevarova A.A., Denisov E.V., Lebedev I.N. Methods of DNa methylation analysis:possibilities and limitations of their application in oncology. Siberian journal of oncology. 2013;1(6):64-69. (In Russ.)

Просмотров: 320


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1814-4861 (Print)
ISSN 2312-3168 (Online)