АНАЛИЗ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ KRAS И BRAF ПРИ РАКЕ ТОЛСТОЙ И ПРЯМОЙ КИШКИ В РОССИЙСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ
https://doi.org/10.21294/1814-4861-2016-15-2-36-41
Аннотация
Образцы опухоли толстой и прямой кишки (РТПК) от российских пациентов на наличие мутаций вгенах KRAS и BRAF исследовали с помощью двух высокочувствительных методов анализа: аллельспецифической ПЦР в режиме реального времени (ас-рв ПЦР) и секвенирования по Сэнгеру с блокированием аллеля дикого типа. Материал и методы. В качестве материала для исследования использовали срезы свежезамороженной и фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани опухоли от 80 пациентов. На гистологическом исследовании было определено содержание опухолевых клеток в каждом образце. Образцы были протестированы методом ас-рв ПЦР на мутации в гене KRAS (G12C, G12S, G12R, G12V, G12D, G12A, G13D) и мутации BRAFV600E. Затем была проведена амплификация ДНК образцов в присутствии олигонуклеотида, блокирующего амплификацию аллеля KRAS дикого типа с дальнейшем секвенированием ДНК по Сэнгеру. Результаты. По данным гистологического заключения из 80 образцов низкое содержание опухолевых клеток (<20 %) было обнаружено в 5 (6 %) случаях. В модельных экспериментах оба метода анализа позволяли детектировать 5 % аллеля с мутацией. Мутации в генах KRAS и BRAF были обнаружены в 37 (46 %) и 3 (3,8 %) случаях соответственно. Совпадение результатов анализа с помощью обоих методов произошло в 79 (98,8 %) случаях. Расхождение результатов анализа для одного образца связано с тем, что секвенирование ДНК по Сэнгеру обнаружило мутацию KRASG13R, тогда как ас-рв ПЦР не включала методику детекции этой мутации. Кроме того, мутация в гене KRAS была обнаружена в 2 образцах с низким содержанием опухолевых клеток. Обнаружены 2 случая с несколькими мутациями: 1 образец с мутациями в гене KRASG12V и G13D, а также 1 образец с мутациями KRASG13D и BRAFV600E. Заключение. Частота мутаций при РТПК для мутаций в гене KRAS составила 46 %, для BRAF – 3,8 %. Показана сходимость результатов анализа с помощью ас-рв ПЦР и секвенирования по Сэнгеру в 98,8 %. Полученные данные о частотах мутаций согласуются с исследованиями в других странах. В исследовании впервые обнаружен образец РТПК, одновременно содержащий мутации KRASG13D и BRAFV600E.
Ключевые слова
ПЦР в режиме реального времени,
секвенирование по Сэнгеру,
рак толстой и прямой кишки,
мутации,
KRAS,
BRAF
Об авторах
Е. Е. Писарева
НИИ молекулярной биологии и биофизики СО РАМН, 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, 2/12
Россия
Россия
младший научный сотрудник лаборатории генно-инженерных методов исследования, НИИ молекулярной биологии и биофизики (г. Новосибирск, Российская Федерация). SPIN-код: 7151-5842.
Л. Н. Любченко
Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина, г. Москва
Россия
Россия
доктор медицинских наук, профессор, заведующая лабораторией клинической онкогенетики НИИ клинической онкологии Российского онкологического центра им. Н.Н. Блохина (г. Москва, Российская Федерация). AuthorID: 140311.
С. П. Коваленко
НИИ молекулярной биологии и биофизики СО РАМН, 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, 2/12
Россия
Россия
доктор биологических наук, заведующий лабораторией генно-инженерных методов исследования НИИ молекулярной биологии и биофизики (г. Новосибирск, Российская Федерация). SPIN-код: 2272-6747.
В. А. Шаманин
НИИ молекулярной биологии и биофизики СО РАМН, 630117, г. Новосибирск, ул. Тимакова, 2/12
Россия
Россия
кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории инженерных методов исследования НИИ молекулярной биологии и биофизики (г. Новосибирск, Российская Федерация). SPIN-код: 5669-0201.
Список литературы
1. Злокачественные новообразования в России в 2011 году (заболеваемость и смертность) / Под ред. В.И. Чиссова, В.В. Старинского, Г.В. Петровой. М., 2013. С. 1–15.
2. Кит О.И., Водолажский Д.И., Двадненко К.В., Гудуева Е.Н., Кутилин Д.С., Геворкян Ю.А., Владимирова Л.Ю. Частота мутаций в гене KRAS в различных клинических группах пациентов юга России с колоректальным раком // Медицинская генетика. 2014. Т. 13, № 12 (150). С. 35–41.
3. Мазуренко Н.Н., Гагарин И.М., Цыганова И.В., Мочальникова В.В., Бредер В.В., Горбунова В.А. Частота и спектр мутаций KRAS в метастатическом колоректальном раке // Вопросы онкологии. 2013. Т. 59, № 6. С. 751–755.
4. Шубин В.П., Поспехова Н.И., Цуканов А.С., Рыбаков Е.Г., Панина М.В., Сушков О.И., Ачкасов С.И., Жданкина С.Н., Кашников В.Н., Фролов С.А., Шелыгин Ю.А. Частота и спектр мутаций в гене KRAS при роке толстой кишки разной локализации и раке анального канала // Медицинская генетика. 2014. Т.13, № 5 (143). С. 31–35.
5. Arcila M., Lau C., Nafa K., Ladanyi M. Detection of KRAS and BRAF mutations in colorectal carcinoma roles for high-sensitivity locked nucleic acid-PCR sequencing and broad-spectrum mass spectrometry genotyping // J. Mol. Diagn. 2011. Vol. 13 (1). P. 64–73. doi: 10.1016/j.jmoldx.2010.11.005.
6. Blanco-Calvo M., Concha Á., Figueroa A., Garrido F., Valladares-Ayerbes M. Colorectal Cancer Classification and Cell Heterogeneity: A Systems Oncology Approach // Int. J. Mol. Sci. 2015. Vol. 16 (6). P. 13610–13632. doi: 10.3390/ijms160613610.
7. De Roock W., Claes B., Bernasconi D., De Schutter J., Biesmans B., Fountzilas G., Kalogeras K.T., Kotoula V., Papamichael D., Laurent-Puig P., Penault-Llorca F., Rougier P., Vincenzi B., Santini D., Tonini G., Cappuzzo F., Frattini M., Molinari F., Saletti P., De Dosso S., Martini M., Bardelli A., Siena S., Sartore-Bianchi A., Tabernero J., Macarulla T., Di Fiore F., Gangloff A.O., Ciardiello F., Pfeiffer P., Qvortrup C., Hansen T.P., Van Cutsem E., Piessevaux H., Lambrechts D., Delorenzi M., Tejpar S. Effects of KRAS, BRAF, NRAS, and PIK3CA mutations on the efficacy of cetuximab plus chemotherapy in chemotherapy-refractory metastatic colorectal cancer: a retrospective consortium analysis // Lancet Oncol. 2010. Vol. 11 (8). P. 753–762. doi: 10.1016/S1470-2045(10)70130-3.
8. Di Nicolantonio F., Martini M., Molinari F., Sartore-Bianchi A., Arena S., Saletti P., De Dosso S., Mazzucchelli L., Frattini M., Siena S., Bardelli A. Wild-type BRAF is required for response to panitumumab or cetuximab in metastatic colorectal cancer // J. Clin. Oncol. 2008. Vol. 26 (35). P. 5705–5712. doi: 10.1200/JCO.2008.18.0786.
9. Jakovljevic K., Malisic E., Cavic M., Krivokuca A., Dobricic J., Jankovic R. KRAS and BRAF mutations in Serbian patients with colorectal cancer // J. BUON. 2012. Vol. 17 (3). P. 575–580.
10. Jancik S., Drabek J., Berkovcova J., Xu Y.Z., Stankova M., Klein J., Kolek V., Skarda J., Tichy T., Grygarkova I., Radzioch D., Hajduch M. A comparison of Direct sequencing, Pyrosequencing, High resolution melting analysis, TheraScreen DxS, and the K-ras StripAssay for detecting KRAS mutations in non small cell lung carcinomas // J. Exp. Clin. Cancer Res. 2012. Vol. 31. P. 79. doi: 10.1186/1756-9966-31-79.
11. Jean G.W., Shah S.R. Epidermal growth factor receptor monoclonal antibodies for the treatment of metastatic colorectal cancer // Pharmacotherapy. 2008. Vol. 28 (6). P. 742–754. doi: 10.1592/phco.28.6.742.
12. Laurent-Puig P., Cayre A., Manceau G., Buc E., Bachet J.B., Lecomte T., Rougier P., Lievre A., Landi B., Boige V., Ducreux M., Ychou M., Bibeau F., Bouché O., Reid J., Stone S., Penault-Llorca F. Analysis of PTEN, BRAF, and EGFR status in determining benefit from cetuximab therapy in wild-type KRAS metastatic colon cancer // J. Clin. Oncol. 2009. Vol. 27 (35). P. 5924–5930. doi: 10.1200/JCO.2008.21.6796.
13. Lièvre A., Bachet J.B., Le Corre D., Boige V., Landi B., Emile J.F., Côté J.F., Tomasic G., Penna C., Ducreux M., Rougier P., Penault-Llorca F., Laurent-Puig P. KRAS mutation status is predictive of response to cetuximab therapy in colorectal cancer // Cancer Res. 2006. Vol. 66 (8). P. 3992–3995.
14. Milbury C.A., Li J., Makrigiorgos G.M. PCR-based methods for the enrichment of minority alleles and mutations // Clin. Chem. 2009. Vol. 55 (4). P. 632–640. doi: 10.1373/clinchem.2008.113035.
15. Pisareva E., Gutkina N., Kovalenko S., Kuehnapfel S., Hartmann A., Heinzerling L., Schneider-Stock R., Lyubchenko L., Shamanin V.A. Sensitive allele-specific real-time PCR test for mutations in BRAF codon V600 in skin melanoma // Melanoma Res. 2014. Vol. 24 (4). P. 322–331. doi: 10.1097/CMR.0000000000000090.
16. Porebska I., Harlozińska A., Bojarowski T. Expression of the tyrosine kinase activity growth factor receptors (EGFR., ERB B2., ERB B3) in colorectal adenocarcinomas and adenomas // Tumour Biol. 2000. Vol. 21 (2). P. 105–115.
17. Samowitz W.S., Sweeney C., Herrick J., Albertsen H., Levin T.R., Murtaugh M.A., Wolff R.K., Slattery M.L. Poor Survival Associated with the BRAF V600E Mutation in Microsatellite-Stable Colon Cancers // Cancer Res. 2005. Vol. 65 (14). P. 6063–6069.
18. Tsiatis A.C., Norris-Kirby A., Rich R.G., Hafez M.J., Gocke C.D., Eshleman J.R., Murphy K.M. Comparison of Sanger sequencing., pyrosequencing., and melting curve analysis for the detection of KRAS mutations: diagnostic and clinical implications // J. Mol. Diagn. 2010. Vol. 12 (4). P. 425–432. doi: 10.2353/jmoldx.2010.090188.
19. van Krieken J.H., Jung A., Kirchner T., Carneiro F., Seruca R., Bosman F.T., Quirke P., Fléjou J.F., Plato Hansen T., de Hertogh G., Jares P., Langner C., Hoefler G., Ligtenberg M., Tiniakos D., Tejpar S., Bevilacqua G., Ensari A. KRAS mutation testing for predicting response to anti-EGFR therapy for colorectal carcinoma: proposal for an European quality assurance program // Virchows Arch. 2008. Vol. 453 (5). P. 417–431. doi: 10.1007/s00428-008-0665-y.
20. Wang D., Liang W., Duan X., Liu L., Shen H., Peng Y., Li B. Detection of KRAS gene mutations in colorectal carcinoma: a study of 6 364 patients // Zhonghua Bing Li Xue Za Zhi. 2014. Vol. 43 (9). P. 583–587.
21. Yanus G.A., Belyaeva A.V., Ivantsov A.O., Kuligina E.Sh., Suspitsin E.N., Mitiushkina N.V., Aleksakhina S.N., Iyevleva A.G., Zaitseva O.A., Yatsuk O.S., Gorodnova T.V., Strelkova T.N., Efremova S.A., Lepenchuk A.Y., Ochir-Garyaev A.N., Paneyah M.B., Matsko D.E., Togo A.V., Imyanitov E.N. Pattern of clinically relevant mutations in consecutive series of Russian colorectal cancer patients // Med. Oncol. 2013. Vol. 30 (3). P. 686. doi:10.1007/s12032-013-0686-5.
Рецензия
Для цитирования:
Писарева Е.Е., Любченко Л.Н., Коваленко С.П., Шаманин В.А. АНАЛИЗ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ KRAS И BRAF ПРИ РАКЕ ТОЛСТОЙ И ПРЯМОЙ КИШКИ В РОССИЙСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ. Сибирский онкологический журнал. 2016;15(2):36-41. https://doi.org/10.21294/1814-4861-2016-15-2-36-41
For citation:
Pisareva E.E., Ljubchenko L.N., Kovalenko S.P., Shamanin V.A. ANALYSIS OF MUTATIONS IN KRAS AND BRAF GENES IN COLORECTAL CANCER IN RUSSIAN PATIENTS. Siberian journal of oncology. 2016;15(2):36-41. (In Russ.) https://doi.org/10.21294/1814-4861-2016-15-2-36-41
Просмотров: 3964
.png)
Послать статью по эл. почте 
